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1996年，中国卫生部提出了在全国（北京、天津、上海、广东、四川、山东、浙江、重庆、辽宁、甘肃）设置10个脐带血库的规划。同时成立了卫生部脐带血库专家委员会、制定颁布了《脐带血库执业指导规范》，严明了脐带血库的准入条件，即储存公共库样本4000份以上；至少储存3年；并须完成5例造血干细胞移植成功的病例后，报卫生部脐带血库专家委员会验收合格，才能取得执业资格。

2002年9月，北京脐带血库第一个通过验收并获得了卫生部颁发的第001号《脐带血造血干细胞库执业许可证》。同年11月，天津脐血库成为我国通过验收并获得执业许可证的第二家脐带血库。2006年3月1日，卫生部将脐血库的验收批准权下放到省级卫生行政管理部门。此后的两年间，上海、广东、四川、山东脐血库相继通过验收获得执业许可证。早在脐带血库设置之初，卫生部就极具前瞻性地提出了脐血库“多渠道筹集建设资金和运转经费”的方针，使得众多脐血库在少占用甚至不占用国家资源的情况下设置成功且发展壮大，取得了至今近3万份公共库存的辉煌成绩。

2006年，卫生部将脐带血库作为特殊血站纳入血站管理。同年出台了《血站质量管理规范》和《血站实验室质量管理规范》，将脐带血库的管理纳入正规。

2008年2月，针对如何正确对待脐带血捐献和自存的问题，卫生部公开指出，我国将加强对脐带血造血干细胞库质量的全面监管。国家鼓励在知情同意的原则下向自愿捐献脐带血并对其进行有效处理、保存，用于救死扶伤的公益事业。同时也强调，对于为了满足公民个人利益需要，由公民自愿出资参加的自体存储脐带血业务，各脐带血库主办单位应本着实事求是的原则，科学宣传自体存储脐带血的意义，客观介绍自体存储脐带血的临床作用，在充分保证公民知情权和选择权的前提下，由储户自主选择脐带血的存储方式，坚决反对任何形式的夸大宣传。卫生部要求相关省级卫生行政部门按照有关脐带血造血干细胞库设置管理规范和技术规范，加强对脐带血库执业的监督管理，规范脐带血库的质量建设。卫生行政部门还将会同相关主管部门对部分地区脐带血库开展的自体存储脐带血业务进行专项检查。

    根据卫生部制定的规划，2010年前将在全国设置4--10个“脐带血库”。专家测算，在我国公民自愿捐赠的脐带血库存量达到7--10万份时就能基本满足目前我国儿童相关疾病临床治疗需求。据卫生部报道：截止到2008年1月，中国脐带血库总共存储公民自愿捐赠的脐血造血干细胞 2.5万份, 公民自愿出资储存的脐血造血干细胞超过8万份。实现非血缘脐血干细胞移植500多例。