目前对多种自身免疫疾病的治疗包括抗感染药物的系统应用、有效的免疫抑制和免疫调节药物（即：甾体类药物及阻止炎性细胞因子作用的抑制性蛋白）。然而，这些治疗除了对正常免疫反应有强的影响之外，这些治疗在某些病例中无法使患者免受再次患病之苦。近年来，学者们一直在探索如何用干细胞来治疗自身免疫的异常。这里要讨论的是这一方法的基本原理，主要是针对狼疮、类风湿关节炎以及I型糖尿病的实验性干细胞治疗。
自身免疫疾病中免疫介导的损伤可以是器官特异性的，如I型糖尿病是胰岛B细胞受损的结果，多发性硬化症是覆盖神经的鞘磷脂断损的结果。这些自身免疫疾病可通过修复或替换受损的细胞和组织来治疗（参见第七章：干细胞与糖尿病及第十一章：实验性基因治疗中基因校正后干细胞的应用）。相比而言，非器官特异性自身免疫性疾病如狼疮，则表现出因针对多种不同的器官和组织的免疫反应而造成的广泛性损伤的特点。 有一种治疗方法正在身体反应差、有生命危险的狼疮患者身上进行早期临床实验并进行评估。这是一种影响包括肌肉、皮肤、关节以及肾脏、脑和神经等多种器官损伤的严重疾病。超过239，000名美国人，其中超过90%是妇女，患有狼疮。另外，狼疮还不同比例地折磨着非洲裔美国人及西班牙妇女[11]。在治疗诸如狼疮之类的非器官特异性自身免疫性疾病的一个主要障碍是无法找到可用于治疗的一个单一的、特定的目标。
造血干细胞治疗狼疮的目标是破坏成熟的、长寿命的并具有自身反应能力的免疫细胞并生成一个新的、能正常履行功能的免疫系统。这些实验中，大多数患者自身的干细胞都使用了一种所谓的自身固有的（即从"自身"）造血干细胞移植。首先，患者接受一种生长因子的注射，使得大量的造血干细胞从骨髓进入血液中。然后从血液中收集这些细胞，并将其与成熟的免疫细胞中分离开来，再进行存储。当获取足够量的干细胞后，对患者用细胞毒（杀细胞的）药物和/或放射治疗，以除去成熟的免疫细胞。然后，将造血干细胞通过输血的方式输入到循环血中，他们会进而移居至骨髓并开始分化成为成熟的免疫细胞。机体的免疫系统由此会得以重建。然而，这一恢复的过程一直到免疫系统的重建完成，将使患者处于对细菌、真菌和病毒感染的高度易感之中，从而使这一治疗变得极具风险。 最近的报告表明这一置换疗法可根本性地改变患者的免疫系统。RICHARD BURT与他的同事[18]对7位患有狼疮并进行了这种治疗的患者进行了一项长期的跟踪调查（1-3年），发现患者在移植后不使用免疫抵制治疗的情况下没有活动性狼疮的发生，病情也持续好转。狼疮的特点之一是在疾病的自然过程中，T细胞识别抗原的种类减少，表明患者具有自身反应性的T细胞所占比例呈上升趋势。BURT和他的同事发现在进行干细胞移植后，患者T细胞种类恢复到了健康人的水平。这一发现证明干细胞移植可能有利于重建T细胞自身耐受，因此可降低疾病再次发生的可能性。