这是根据造血干细胞来源的不同而分类的：
1．骨髓干细胞移植：通过多点骨髓腔穿刺，抽吸含造血干细胞的骨髓血混合液，是经典的移植方法，效果可靠。但采髓需在全麻或硬膜外麻醉下进行，通常需采集骨髓血混合液600~1000ml，具体数值随患者体重来定。
2．外周血干细胞移植：使用药物动员剂促使造血干细胞从骨髓释放到外周血，然后通过血细胞分离机从循环血中收集造血干细胞。与骨髓移植相比，具有采集方便、供者不需麻醉、移植后造血恢复快，而GVHD发生率和严重程度并无明显增加等优点。
3．脐带血干细胞移植：胎儿脐带血中含有大量具有增殖活力的造血干细胞，且免疫原性不成熟，在同胞兄妹中HLA配型不完全相合者也能植活，不过无关供者脐带血干细胞移植仍需要作HLA配型。脐血干细胞和其它来源的干细胞相比之优点：
（1）采集简单容易，来源广泛，对孕妇和婴儿无任何痛苦和风险。
（2）易于储存，选择相合供体时间短，可用于自身和他人。
（3）HLA组织配型要求低，同胞间脐血干细胞约有50%的成功机会。
（4）脐血受病毒感染的机率远比骨髓、外周血低，脐血干细胞免疫系统功能不健全，免疫排斥发病率低，程度轻。
（5）移植费用低，移植成功率高。