小儿肥胖的原因也和成年人肥胖的原因一样，分为单纯性肥胖和继发性肥胖两种。继发性肥胖指的是有明确病因的肥胖，只占所有肥胖的1％。小儿肥胖的99％以上都属于单纯性肥胖，也就是没有明确病因的肥胖。
科学家对单纯性肥胖的发生原因进行了大量的研究，比较明确的有：
1、遗传因素。父母有一方肥胖的，子女肥胖的可能性有32～34％；父母双方均为肥胖的，子女肥胖的发生率上升为50～60％。另一方面，72％的胖孩子，父母中有至少一人也有肥胖。而且目前已经找到了多种与肥胖有关的遗传基因。
2、进食过多、营养过剩。肥胖的孩子往往进食大量的高脂肪饮食、甜食，尤其是无限制地吃零食、喝甜饮料，这些都会引起肥胖。
3、运动过少。目前，孩子的学习负担越来越重，加上父母望子成龙心切，给孩子增加许多课外学习，比如音乐、美术、外语等等，挤掉了孩子大量的活动时间。另外，即使是课外活动，也是体力活动越来越少，静止活动越来越多，如看电视、玩游戏机等，这些都会让孩子减少活动、增长脂肪。胖孩子就不爱运动，不爱运动的孩子就变得更胖，结果造成恶性循环。
4、社会心理因素，尤其是家长对小儿肥胖的错误认识，最容易造就出一个肥胖的孩子。另外，有研究表明，孩子如果功课压力过重，或是学习成绩不理想，精神长期紧张，就会有意无意地拼命多吃零食，借以缓解精神紧张的状态，长此以往，就会出现肥胖。所以，对孩子的肥胖，应该从多方面寻找原因，有针对性地进行治疗。