1991年11月召开的11届IHW上提出了HLA的DNA分型方法，使得HLA多态性的检测有了突破性的进展，这些方法众多，现列举如下。

        1、PCR-ASO（或PCR-SSO）：即PCR技术与等位基因特异顺序的寡核苷酸（allelic specific oligonucleotide,ASO）或顺序待异性的寡核苷酸（sequence specific oligonucleotide,SSO）探针相结合的方法。用PCR技术扩增从需定型细胞中抽提出的高度多态性基因片段的DNA，再与特异的序列明确的寡核苷酸（SSO）探针杂交，可区分特定编码区DNA顺序的细微差别。

        2、PCR-RFLP：即PCR技术与限制性片段长度多态性（restriction fragment lengthpolmorphism,RFLP）分析技术相结合。HLA抗原多态性是由其编码基因的碱基顺序不同的结果。不同个体HLa DNA碱基顺序的差别造成了限制性内切酶切位点的不同，从而导致DNA电泳后限制性片段长度上的多态性。主要步聚是经印迹法转移到硝酸纤维膜上，然后用已知的cDNA探针进行杂交，经放射自显影可查知相应基因的何种长度的DNA酶切片段上。但此技术所用的内切酶量大，方法复杂，耗费昂贵，已更先进、精确的以PCR为基础的其它DNA分型所取代。

        3、PCR-SSCP：即PCR与单链构象多态性（single strand conformation polymorphism,SSCP）分析相结合的方法。其原理是单链DNA可形成稳定的构象，在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中其迁移率不仅与链的大小有关，而且受链的核苷酸顺序的影响。由于使用相同引物扩增产物长度-致因而单链DNA在电泳中的迁移格局反映了单链核苷酸组成的不同，可十分敏感地检测等位基因间DNA顺序的微小差别，目前此技术已应用于DP等位点的分型。

        尽管采用DNA水平的HLA分型工作有了很大进展，但血清学分型，特别对I类基因产物仍是分型基础。在可以预见的时期内，DNA分型是无法取代它的。但应该强调，在第11次IHW及随后召开的WHO-HLA命名委员均已早明，今后凡属新HLA特异性必须有相应的DNA序列为基础，否则不再予以命名。

        应该看到，HTC与PLT在对HLA-D和HLA-DP特异性检测上有过肯定的贡献，但由于方法较为复杂，耗时费力，且影响因素多，精确程度有限，已逐渐被众多DNA水平定型方法所取代。